puede un portatil usar un wifi usb sin afectar a la targeta interna?

Si se puede. Pero no puedes usar ambas a la vez. Para desactivar la interna tienes 2 opciones:
a)Si tu portátil tiene un botón para desactivarlo pues desactivalo mediante el botón.
b)Si no tiene el botón para desactivarlo, pues simplemente tienes que ir a:
inicio / Panel de Control / Conexiones de RED y ahí botón derecho para deshabilitar la tarjeta wifi interna (Intel Pro Wireless o Broadcom o algo así). Cuando la quieras volver a habilitar, pues lo mismo pero obviamente dandole a habilitar.

Saludos
Saludos