¿dos redes con la misma IP deben mantenerse separadas, pero compartir un directorio\fichero.. como?

Deberias ponerles diferentes submascaras de red.

¿2 redes con la misma IP? Lo que me viene a la cabeza es que tienes 2 redes con el mismo direccionamiento y con servidores que tienen las mismas direcciones IP en ambas redes.

La ÚNICA posibilidad de tener eso funcionando y que desde una red se pueda ver otra es poner un router de salida y hacer NAT entre ambas redes. Si ambas redes están separadas por Internet, es muy simple meter NAT en los routers de salida a Internet. Si no es así, tendrías que poner 2 routers, y hacer un segmento de red con un direccionamiento distinto entre ambos routers.

El problema de hacer NAT es que sólo podrías tener un servicio accesible desde la otra LAN. Si mapeas el puerto 3389 para terminal server, sólo podrías tener un terminal server. Ante esto cabe 2 posibilidades:
i) Hacer PAT junto con NAT (3389 lo rediriges a la 192.168.1.10:3389, 3390 lo rediriges a la 192.168.1.11:3389, 3391 a la 192.168.1.12:3389 y así sucesivamente). Con esto podrías tener todo s los servicios de terminal server que quisieras, pero desgraciadamente no todos los servicios serían compatibles, pues habría que poder indicar que quieres conectar a otros puertos distintos del puerto para el que está predeterminado el conectar. Esto es posible en terminal server sin más que poner x.x.x.x:puerto, pero desconozco si el oracle o tus aplicaciones de ERP podrán hacer eso

ii) Si estás en un entorno de LAN que controlas, dale un rango de red más extenso a tus routers y haz un NAT para más direcciones IP