¿Existe alguna aplicación para convertir una partición NTFS en ext3 o xfs?

Buenas!
Pues si, es posible, existe un programa open source que hace ese trabajo, maneja el sistema de archivos de win2 y es capaz de tranformarlos a ext3 sin necesidad de que tengas que formatear. El nombre del programa es NTFS-3G. En todo caso como en todas estas situaciones es muuuy recomendable hacer backups de los datos que contenga. Aqui te dejo la pagina oficial del programa y otra con un manual del mismo.
http://ntfs-3g.org/ //Pagina oficial.
http://blogdrake.net/node/6866 //Manual.
Un saludo y espero que te haya sido de ayuda.

si, que estoy usando ntfs-3g para tener acceso rw de la partición, pero que más me interesaba saber si había algo para convertirla a algún sistema de archivos de linux, sin perdida de datos... ext3, xfs, jsf...

En ese caso, si tu intencion va mas alla de manejar los datos de la particion, quieres que directamente se transforme en un sistema de archivos linux, y no quieres perder los datos, lamento no poder ayudarte, pero creo que eso no se puede hacer. Digo creo porque no tengo constancia de que se pueda hacer, y porque seria muy complicado mantener las referencias de los archivos que tu tengas en un sistema ntfs para que sigan "coordinados" con las que tendrian en un ext3 por ejemplo. En todo caso espero equivocarme y que alguien te pueda ayudar mejor si no estoy en lo cierto.
Un saludo.

Lamentablemente, coincido con 6roNin6. No se puede hacer, y menos si pretendes seguir booteando con Windows, ya que este ni sabe que es ext3/xfs y los formatos de disco Linux.