¿Cuales son las diferencias al llamar al intérprete de Java desde Windows o desde Linux?

Revisa estos tutoriales muy buenos http://www.comptechdoc.org/os/linux/howt... y http://nmglug.org/phorum/read.php?5,19, te indica todos los pasos a seguir desde la instalación del SDK hasta ejecutar .JAR directamente de la linea de comandos como binario nativo.

http://java.sun.com/j2se/1.5.0/docs/tool... en este otro link encuentras todos los comandos del JVM para usarlos en la linea de comandos, basicamente son los mismos que en Windows.

la llamada al interprete de java no cambia de un sistema al otro. En general lo que cambia es la forma de recoger los directorios del classpath.
Un ejemplo:
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rem Batch file to run under Windows
for %%i in ("lib\*.jar") do set CLASSPATH=%CLASSPATH%;%%i
java -classpath %CLASSPATH% lo.que.sea.Main %*
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en linux podria ser:

for I in `ls -1 lib/*`; do
CLASSPATH="$CLASSPATH:I"
done
java -classpath $CLASSPATH lo.que.sea.Main $*
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El ejemplo no funciona directamente. Sirve solo de muestra de que la llamada es la misma, pero modificando la forma de recoger el classpath. Lo que deberias ver es la forma de llamarlo en la linia de comandos y despues cuando ya lo hayas probado en linia de comandos entonces escribes el script metiendo todos los comandos a los que hayas ido llamando... pero lo primero es que funcione desde linia de comandos isn script, eso facilita las cosas.